FIDO2は大きく2つの規格から成り立っている。1つが「WebAuthn(Web Authentication)」で、端末とFIDOサービス(IDP)のやりとりなどを規定している。もう1つが「CTAP(Client To Authenticator Protocol)」で、端末と外部認証器の間の通信を定めた規格である。
FIDO2は、W3CのWeb認証仕様とFIDO Allianceのデバイス間連携仕様(CTAP)で構成される。これらの標準を組み合わせることで、パスワードを入力せずに、2段階認証や多要素認証などの認証手段でサービスにログインできるようにする。